Если по итогам налогового периода сумма налога на доходы физических лиц, удержанная работодателем, оказалась ниже рассчитанной к перечислению, разница признается не удержанной и подлежит отражению в налоговом уведомлении работника. В случаях, когда удержание НДФЛ в течение года не представилось возможным, организация обязана письменно уведомить об этом как самого сотрудника, так и налоговый орган по месту регистрации, соблюдая требования пункта 5 статьи 226 НК РФ.

Сформированная задолженность включается в сводное уведомление и должна быть погашена физическим лицом самостоятельно не позднее установленного срока — 1 декабря года, следующего за отчетным. При этом налоговые органы вправе инициировать проверочные мероприятия: запросить пояснения у работодателя либо направить официальное требование руководителю компании для уточнения информации о произведенных выплатах и корректности исчисления налога.

Игнорирование подобных запросов может привести к доначислению налога и его включению в уведомление налогоплательщика. Исключение спорной суммы из уведомления, а также отмена начисленных пеней возможны только при условии, что налоговый агент представит корректирующую справку о доходах, подтверждающую необходимость аннулирования ранее переданных сведений. Такой подход соответствует действующим разъяснениям контролирующих органов и применяется на практике при урегулировании подобных ситуаций.